Nanohana Jiyu, une jeune lycéenne, est une nouvelle fois contrainte à combattre au nom de Yagyu Jubei connu comme le plus grand épéiste du monde. Jubei comme son père la surnommée avait déjà réussi à se débarrasser de la haine ancestrale du clan Ryujoji dans la première saison et voila que maintenant elle doit faire face au clan des Yagyu de Sibérie. Ces ex-membres du clan Yagyu ont été chassés et contraints par les Yagyu du Nord à vivre en Sibérie, dès lors ils ont juré de se venger. Mais ce n'est pas tout Jubei-Chan doit aussi faire face à une mystérieuse personne prétendant être la vraie réincarnation de Yagyu Jubei le second...