Sauvés in-extremis des attaques de Boiled par le docteur Easter, Rune et Œufcoque sont emmenés directement au « Paradis ». Derrière ce nom se cache un centre de haute technologie renfermant les savoirs interdits du Mardock Scramble 09, les seuls à même de sauver un Œufcoque à l'agonie. Bien que bouleversée par l'état de son ami, Rune va devoir se concentrer sur sa prochaine mission : pirater le casino surprotégé de Shell, l'homme qui l'avait laissée pour morte...